В сфере соблюдения требований водного законодательства большинство нарушений связано с отсутствием у предприятий и организаций города необходимых лицензий на специальное водопользование. Не имеют лицензий на водопользование многие организации водного туризма, использующие причалы для яхт, маломерных судов, водных мотоциклов и других технических средств отдыха на воде, а также другие сооружения и устройства, предназначенные для рекреационных и оздоровительных целей.
Как передает корреспондент АЖУРа, такие предприятия, как ЗАО 'ЖБИ-6', ОАО 'Завод слоистых пластиков', ОАО 'Фирма Медполимер', ЗАО 'Малая Невка', ОАО 'Термопласт', ООО 'Полюс', ОАО 'Сестрорецкий инструментальный завод', ФГУП 'Кронштадтский Морской завод', ОАО Судостроительный завод 'Северная верфь', ООО 'Инженерная компания', ОАО 'Бавария' в нарушение Водного кодекса РФ сбрасывают в водные объекты не очищенные и не обезвреженные сточные воды.