ПоделитьсяЧем больше людей без антител, тем бодрее эволюционирует коронавирус. Что он выкинет после варианта «дельта плюс», не предскажет никто.
Вариант «дельта» действительно распространился в России. Данных о том, что он смертельнее, чем другие известные штаммы коронавируса, нет. Но то, что он быстрее распространяется, — факт, и только локдаунами эту заразу не победить. О том, как вакцины на основе «старого» уханьского штамма работают даже против «дельты», почему антипрививочник — лучший друг коронавируса и куда все-таки делся привычный пандемический грипп, «Фонтанке» рассказала замдиректора НИИ гриппа имени Смородинцева по научной работе, эксперт Российского консорциума секвенирования генома коронавируса Дарья Даниленко.
Поделиться— Как сегодня организована работа Российского консорциума секвенирования генома коронавируса, что это за организация?
— Наш консорциум — это добровольное объединение организаций и исследовательских групп, которые еще в начале 2020 года согласились принять участие в работе по расшифровке геномов коронавируса. Идея создания консорциума принадлежит сотрудникам НИИ гриппа имени А. А. Смородинцева. С самого начала было понятно, что это работа долгосрочная и чем больше геномов будет расшифровано, тем более значимые результаты мы получим. Наши основные партнеры вносят различный вклад, в зависимости от того, в какой области они являются специалистами. Так, Сколковский институт науки и технологий — группа профессора Георгия Базыкина — занимается анализом данных, получаемых в результате работы консорциума. Есть специалисты, которые помогают нам с разбором образцов, с разработкой реагентов для проведения секвенирования. Наши партнеры из НИЦЭМ им. Гамалеи проводят работу по сбору образцов и по аналитическим вопросам. Партнеры из лаборатории «Хеликс» очень помогают со сбором высококачественных образцов. Один в поле не воин.
Но наш консорциум — не единственная организация, которая проводит эту работу в нашей стране. В соответствии с Постановлением Правительства РФ, создана единая национальная база геномов коронавируса VGARus (Virus Genome Aggregator of Russia) на базе Центрального научно-исследовательского института эпидемиологии. В настоящее время все организации, проводящие секвенирование возбудителя COVID-19 в нашей стране, передают свои данные туда. Таким образом, данные о генетических характерах циркулирующих SARS-CoV-2 представлены одновременно в национальной и международной базе. GISAID доступна для всего мирового сообщества.
Целевого финансирования под консорциум в настоящий момент нет. Часть работ выполняется Институтом гриппа в рамках государственного задания, финансируемого Министерством здравоохранения. Частично эта работа по секвенированию поддерживается грантами. Кроме того, частные компании сами находят средства, понимая, насколько важен будет их вклад в общее дело. Консорциум — это своеобразное гражданское общество ученых в действии.
— В настоящее время большинство геномов, которые Российский консорциум генетического секвенирования направляет в международную базу, поступает из Петербурга. С чем это связано?
— Несмотря на то, что в России несколько организаций активно занимается секвенированием геномов коронавируса, общий объем выполненных расшифровок в нашей стране небольшой. Лидер европейского региона — Великобритания, где выполнено порядка 500 000 геномов. В России этот показатель приближается к 15 тысячам. Наши ресурсы и возможности не безграничные, поэтому приходится выбирать, какие образцы обрабатывать в первую очередь. Мы знаем, что сейчас наиболее тревожная ситуация наблюдается в Москве и Петербурге, и выборка именно из этих городов нужна была нам, чтобы понять причины такой эпидобстановки. В настоящий момент мы получаем образцы из других регионов страны. Как только появится возможность, мы начнем выкладывать результаты и по ним.
— К каким выводам консорциум пришел по итогам анализа образцов из Москвы и Петербурга?
— Мы видим, что в Петербурге присутствует индийский штамм, или, как правильнее его теперь называть, «дельта»-вариант. В Великобритании выяснили, что почти 99% всех образцов, полученных на их территории за последнее время, приходится именно на «дельта»-вариант. Но чтобы делать какие-либо далеко идущие выводы, которые связали бы статистику и эпидемиологию в России, нам нужно больше данных. Того количества образцов, которые нам удается секвенировать, недостаточно. Но мы можем опираться на уже опубликованные коллегами из Великобритании данные. К ним «дельта»-вариант пришел значительно раньше, и последствия уже видны. Новый вариант вируса распространяется даже быстрее, чем хорошо известный британский штамм, или «альфа»-вариант. В настоящий момент недостаточно данных, чтобы утверждать, что новый штамм провоцирует более тяжелое течение болезни или более высокую смертность. Предварительно можно сказать, что основная отличительная черта «дельта»-варианта — способность быстрее передаваться от человека к человеку. Также британские данные указывают на то, что, вероятно, зараженные этим штаммом люди при кашле, чихании или разговоре выделяют большее количество вирусных частиц.
— Когда «дельта»-вариант пришел в Петербург и каков процент его распространения в городе?
— Мы не можем оценить процент распространения наверняка, потому что у нас очень ограниченная выборка. Но мы видим, что он является в настоящее время доминирующим среди образцов, которые к нам поступают и которые удается секвенировать.
Быстрое распространение «дельта»-варианта связано с тем, что в Петербурге и других городах вакцинация, к сожалению, идет очень медленными темпами. Видимо, люди считают, что после первых двух волн эпидемии в стране сформировался коллективный иммунитет. Но этого иммунитета недостаточно. Доподлинно известно, что в Санкт-Петербурге порядка 50% населения не имеет антител к коронавирусу. Единственный выход — наращивать темпы вакцинации. Смена вариантов коронавируса обусловлена исключительно тем, что люди не хотят прививаться и тем самым прерывать цепочки распространения коронавируса в своем кругу общения. Вирус будет и дальше распространяться среди восприимчивой популяции и, воспроизводя себя, накапливать генетические ошибки — то есть мутировать. Важно не предоставлять ему субстрат для мутаций, а таким субстратом являются люди, не имеющие антител и иммунитета.
— Претензии к антипрививочникам, что они помогают вирусу становиться сильнее, имеют основания?
— Да, это абсолютно обоснованное утверждение. Самый яркий пример того, как страна, в которой циркулировал коронавирус, справилась с ним с помощью массовой и очень быстрой вакцинаци, — Израиль. Великобритания продлевает ограничения только для того, чтобы ускорить темпы вакцинации и победить в гонке между показателями распространения коронавируса и количества привитых. При этом важно сделать оба компонента и помнить, что организму необходимо время, чтобы выработать защиту, — надо выждать минимум 14 дней после введения второй дозы. В этот период необходимо соблюдать все меры индивидуальной эпидемиологической защиты.
— «Дельта»-вариант научился уклоняться от антител, как у переболевших, так и у вакцинированных. С чем связана эта мутация и как будет дальше проходить «обучение» коронавируса?
— Не нужно воспринимать вирус как нечто разумное. Его «обучение» — это обычный процесс эволюции. Другие известные вирусы тоже рано или поздно начинают ускользать от иммунного ответа. Самый яркий пример — вирусы сезонного гриппа. Именно по этой причине от гриппа надо прививаться каждый год. Главный фактор эволюции вируса — это большое количество восприимчивых к нему людей, заражая которых, вирус размножается и накапливает мутации. Эти мутации могут быть как полезными для самого вируса, так и вредными. Но отбор будет проходить в сторону мутаций, которые позволят ему уклоняться от иммунного ответа. Достоверно известно, что все вакцины, которые на данный момент запущены в гражданский оборот, справляются даже с новыми вариантами. По «дельта»-штамму еще потребуются дополнительные наблюдения, но данные, которыми мы располагаем, показывают, что снижение эффективности вакцины есть, но оно не критично. Прививка все равно защитит вас от более тяжелого течения болезни и от летального исхода. И поможет разгрузить систему оказания медицинской помощи, которая работает на пределе возможностей последние полтора года.
— Почему вакцина, сделанная в самом начале пандемии, действует, несмотря на генетические изменения коронавируса?
— Одна или две мутации вируса не могут сделать вакцину бесполезной. Надо помнить, что, кроме антител, организм вырабатывает также Т-клеточный ответ, которые не зависит напрямую от изменений вируса (клеточный иммунитет работает вне зависимости от антител, путём активации макрофагов и натуральных киллеров, которые разрушают внутриклеточные патогены. — Прим. ред.). Вирус менялся все время, с самого начала пандемии. Просто сейчас скорость этих изменений выросла — и это совершенно естественный процесс.
— Чем «дельта»-вариант отличается от конкурирующего с ним северо-западного варианта, «выращенного» на нашей территории? Кто выиграет эту конкуренцию?
— Основное отличие — в наборе мутаций в поверхностном S-белке. Но так называемый северо-западный штамм, или, по международной классификации, АТ.1, постепенно исчезает из циркуляции. Его намного меньше в поступающих к нам образцах, чем месяц назад. Вероятно, «дельта»-вариант вытеснит его практически полностью. Но утверждать это наверняка пока нельзя. Мы никогда не идем в ногу с коронавирусом: требуется время, чтобы получить образцы и проанализировать их. Результаты мы, как и другие европейские страны, получаем в лучшем случае с недельной задержкой, а в отдаленных регионах и того больше.
— Когда в России может появиться новый штамм «дельта-плюс»? Правда ли, что он опаснее всех ранее известных вариантов?
— Вариант, который получил обозначение «дельта-плюс», обнаружен в небольшом количестве образцов уже в нескольких странах. В Индии выявлено чуть больше 40 случаев — на фоне общего уровня заболеваемости это мизерное количество. Также штамм «дельта-плюс» зафиксирован в единичных случаях в США, Великобритании и ряде других стран. Согласно имеющимся данным, в России выявлен всего один такой случай https://www.bbc.com/news/world-asia-india-57564560. И, скорее всего, он завозной.
О степени опасности варианта «дельта- плюс» говорить пока рано, слишком мало образцов есть в наличии. Да, мы знаем, что у него появилась мутация в 417-м положении S-белка. Но такая мутация есть в бразильском варианте и в варианте из ЮАР. А по клинической картине у пациентов, у которых зафиксирован именно вариант «дельта-плюс», пока нет оснований утверждать, что он является более опасным или смертельным, чем другие известные штаммы. Вирусологи, которые прицельно изучали «дельта-плюс» на основании достоверных данных, имеют основания предполагать, что это может быть просто очередной минорный вариант, который может не иметь собственного потенциала к распространению. Минорных вариантов огромное количество. Внимание именно к «дельта-плюс» было приковано только потому, что это вариант именно того штамма, который вызвал вспышку и рост смертности в Индии. Повторюсь: если активно вакцинироваться и не позволять вирусу находить новых восприимчивых к нему людей, мы лишим его возможности изменяться и эволюционировать.
— Получается, что только вакцинация является эффективной мерой, а не закрытие границ или другие коронавирусные запреты?
— Все эпидемиологические ограничения могут лишь сдержать распространение вируса. Но сидеть под ограничениями до конца жизни мы не можем, рано или поздно придется их отменять. А вирус никуда не денется и, как только ограничения снимут, он распространится в популяции, не имеющей антител, с новой силой. Мы это видели на примере Европы, которая вводила локдауны, а когда ситуация стабилизировалась, отменяла их. Но заболеваемость тут же снова росла.
Опыт других стран показывает, что только массовая вакцинация позволяет остановить распространение коронавируса. Те страны, где вакцинировано почти все население, постепенно снимают эпидемиологические ограничения. Есть страны, которые пошли по другому пути, например Австралия. Она практически полностью закрылась от внешнего мира, но все равно проводит поголовную вакцинацию. Несмотря на то, что в Австралии был подъем заболеваемости, сейчас у них регистрируется очень мало новых случаев заражения.
— Как данные, на сегодняшний день поступившие в базу данных генотипов коронавируса GISAID, могут изменить подход к изготовлению вакцин?
— Данные о том, как изменяется коронавирус, которые по всему миру собирают консорциумы, подобные нашему, очень важны для понимания эволюции коронавируса. Но никто пока не научился предсказывать эту эволюцию. Предсказания могут быть только краткосрочными, чтобы понимать, какие части вируса подвергаются изменениям и какова скорость этих изменений. Безусловно, эти знания важны для разработчиков вакцин. Но каждый раз менять вакцину в ответ на новые штаммы нецелесообразно: в этой гонке выиграть невозможно. Мы ищем подходы к созданию наиболее универсальной вакцины, как было в случае пандемического гриппа. Все вакцины, зарегистрированные и выпущенные в гражданский оборот на данный момент, основаны на ранних штаммах коронавируса. Но их достаточно, чтобы замедлить его распространение и, как следствие, эволюцию.
— Коронавирус вытеснил грипп окончательно? Или грипп не выявляют, потому что сейчас не до него?
— Как это ни парадоксально, ответа на этот вопрос сейчас нет. Да, действительно, мы видим, что регистрируемая заболеваемость гриппом сошла на ноль. И это не субъективное наблюдение: грипп практически не выявляется в лабораторных исследованиях, причем не только в нашей стране, а в глобальном масштабе. На это повлияли два момента. Во-первых, пандемия коронавируса пришла весной, когда сезонная эпидемия гриппа уже закончилась. Во-вторых, ковид сильно изменил наш образ жизни: многие страны закрыли авиасообщение, люди оказались в изоляции и надели маски. И эти меры до сих пор не сняты в полной мере. Есть гипотеза, что вирусы гриппа — это вирусы-путешественники. Противоковидные ограничения «ударили» по гриппу, который круглый год циркулирует только в области тропиков. Люди, которые ездили в такие страны, развозили грипп по всему миру, провоцируя сезонные эпидемии в Северном полушарии осенью, зимой и весной. Сейчас люди почти никуда не летают и не ездят. И вирусу гриппа, похоже, просто не прорваться через эти барьеры. Но не надо думать, что он исчез навсегда. У него есть огромный природный резервуар — это птицы. Так что о гриппе мы еще услышим.
Венера Галеева,
«Фонтанка.ру»
