В ходе прямой линии президента с гражданами 15 июня Владимир Путин, отвечая на вопрос из Петербурга о судьбе Исакиевского собора подчеркнул, что Россия есть и останется светским государством. Но, по его словам, Исаакиевский собор отчасти принадлежал Церкви, так как император был ее главой. Кроме того, он изначально был построен именно как религиозное сооружение. Размещение там «квазимузея атеизма» в советское время президент назвал издевательством над чувствами верующих.
По словам Путина, в законах о передаче РПЦ таких объектов, как Исаакий, есть противоречия, однако их можно решить по примеру Ватикана, совместив религиозную и музейную функции.
При этом президент призвал не превращать этот вопрос в инструмент «мелкой околополитической возни».
10 января 2017 года губернатор Георгий Полтавченко объявил о том, что вопрос о передаче Исаакиевского собора решен. После этого горожане разделились на два лагеря: поддерживающих и протестующих.
28 марта Горизбирком принял решение о проведении референдума о передаче Исаакия. Теперь документ должны рассмотреть в Законодательном собрании, в случае положительного решения инициаторам придется собрать 75 тысяч подписей петербуржцев.
На данный момент заявка о передаче собора от Русской церкви так и не поступила в городское правительство, в связи с чем официально процедура не была начата.