В комитет по охране памятников поступил проект реставрации церкви на Большом проспекте В.О., 100, где ранее размещалась база тренировки подводников.
Проект восстановления церкви разработало ООО «Город». Контракт стоимостью 87 млн рублей с компанией заключило ФГКУ «Центрреставрация», подведомственное Минкультуры.
Проектировщики предложили укрепить конструкции здания, по которым разошлись осадочные трещины, заменить кровлю и отреставрировать фасады, а внутри церкви демонтировать оставшееся от подводников оборудование и перекрытия. После этого начнется реставрация интерьеров – мраморных полов, лепного декора и росписей.
Для воссоздания интерьеров реставраторы предложили использовать исторические проекты архитектора церкви Василия Косякова и учесть характер росписи других церквей его авторства – Кронштадтского морского собора, церкви Богоявления на Гутуевском острове и подворья Киево-Печерской лавры.
Для восстановления храма в 2012 году был создан попечительский совет. Его возглавил первый зампред Госдумы Александр Жуков. В число участников совета вошли главнокомандующий ВМФ Виктор Чирков, заместитель полпреда президента в СЗФО Любовь Совершаева, вице-губернатор Игорь Албин, спикер ЗакСа Вячеслав Макаров и зампред министра культуры Григорий Пирумов, арестованный в марте по подозрению в мошенничестве.